La trama nos lleva a un universo alternativo donde Shinji y Asuka han crecido juntos y asisten a la misma escuela. Shinji es un chico despistado que Asuka debe controlar, ya que lo ve como a un hermano. Sin embargo, cuando una chica muda llamada Rei Ayanami comienza a vivir en la casa Ikari, Asuka empieza a mostrar sus sentimientos por Shinji.