La historia gira en torno a Onodera Punpun, un joven estudiante de primaria el cual está profundamente enamorado-obsesionado por Tanaka Aiko, una compañera de clase. El manga nos muestra las profundas emisiones de amor, amistad, desesperación, odio, frustración y esperanza que sentirán Punpun, sus amigos, familiares y otros personajes de la historia. Asimismo conforme avanza la historia, esta nos mostrara cómo evoluciona la vida de Punpun, desde que se encontraba en la primaria, hasta que tiene 20 años.